Trebišnjica nestaje u ponoru Popovog polja i nastavlja svoj tok kroz vapnenac ispod Hercegovine. Ista voda izvire na izvoru Omble kod Dubrovnika, u podvodnim izvorima kod Slanog i kod Čapljine.
Trebišnjica teče 96,5 kilometara na površini, zatim nestaje u ponoru Popovog polja i nastavlja još 90 kilometara pod zemljom. Ukupno je duga oko 187 kilometara, pa se ubraja među najduže vrtače na svijetu.
Voda koja ponire u Popovom polju ne izlazi na jednom mjestu. Dio se pojavljuje na izvoru Omble u Rijeci Dubrovačkoj, dio u podvodnim izvorima kod Slanog, a dio na izvoru kod Čapljine, u slivu Neretve.
Istočna Hercegovina leži na vapnencu, stijeni koju voda otapa tisućama godina i u njoj stvara pukotine, kanale i špilje. Trebišnjica ponire na nekoliko mjesta: u Cerničkom i Fatničkom polju, a najviše u donjem dijelu Popovog polja, blizu granice s Hrvatskom, u velikim ponorima Doljašnice i Ponikve.
Od Fatničkog polja do izvora kod Bileće, podzemna voda putuje oko 30 kilometara. Ombla kod Dubrovnika, koja se napaja dijelom te vode, ima prosječni protok od 24 kubna metra u sekundi, iako je sama rijeka dugačka samo tridesetak metara.
Popovo polje je bilo poplavljeno svake jeseni i zime prije izgradnje hidroelektrana. Voda bi se zadržavala mjesecima, a sela na rubovima polja živjela su ritmom jezera koje dolazi i odlazi.
Danas je Trebišnjica jedna od najizmijenjenijih rijeka u regiji. Godine 1967. brana Grnčarevo kod Bileće stvorila je Bilećko jezero, površine 33 četvorna kilometra i dubine do 104 metra. Godine 1979. korito rijeke kroz Popovo polje obloženo je betonom u duljini od 67 kilometara, kako voda ne bi ponirala kroz manje vrtače.
Danas se voda tunelima dovodi do hidroelektrana u blizini Trebinja, Dubrovnika i Čapljine. Hidroelektrane Trebinje i Dubrovnik zajedno godišnje proizvode oko 2,19 milijardi kilovat-sati električne energije.
Isti podzemni sustav dom je jednoj od najbogatijih špiljskih fauna na svijetu. U špilji Vjetrenica kod Zavale, na rubu Popovog polja, registrirano je više od 200 vrsta, od kojih je oko 37 prvi put opisano tamo. Godine 2024. Vjetrenica je upisana na UNESCO-ov popis svjetske baštine.
Zato hidrolozi ne vide Trebišnjicu kao jednu rijeku, već kao sustav koji povezuje krška polja, podzemne kanale i more, preko granice Bosne i Hercegovine i Hrvatske.
